Война, к-рую вело Русское гос-во в 1558-1583 гг. за выход к Балтийскому м. сначала с Ливонским орденом, после его распада - с Литовским великим княжеством (после 1569 - с Польско-Литовским гос-вом) и со Швецией. Главной причиной войны было стремление рус. власти установить контроль над торговыми путями, соединявшими по Балтийскому м. западную и вост. части Европы, роль к-рых резко возросла в XVI в. с расширением экономических связей между разными европ. регионами. Сложившееся положение использовали власти Ливонского ордена и нем. купечество ливонских городов, не пропуская рус. купцов на запад и запрещая им заключать сделки с западноевроп. купцами, навязывая свое посредничество. В этих условиях рус. купцы были вынуждены длительное время находиться в ливонских городах, для них в этих городах (Риге, Ревеле (Таллине), Дерпте (ныне Тарту)) были построены правосл. церкви. С распространением в Прибалтике Реформации и развитием иконоборческого движения начались нападения на эти храмы, сопровождавшиеся их разорением и осквернением икон. В кон. 40-х гг. XVI в. правосл. храмы в Риге и Дерпте были закрыты, церковь в Ревеле разорена. Русско-ливонский договор 1554 г. (как и нек-рые более ранние соглашения) предусматривал возвращение рус. людям храмов в Риге, Ревеле и Дерпте и беспрепятственное совершение в них правосл. богослужения. Однако это постановление, как и ряд других, не выполнялось.
В 1558 г. царь Иоанн IV Васильевич начал войну с Ливонским орденом, чтобы силой устранить установленные барьеры на пути в Зап. Европу. Первым городом, к-рый в 1558 г. перешел под рус. власть, стала Нарва. Взятию города способствовал начавшийся в нем пожар, вызванный тем, что местные немцы бросили в огонь православную икону свт. Николая. Рассказ об этом читается не только в официальной летописи и в «Книге Степенной», но и в летописи псково-печерского игум. прмч. Корнилия и в «Истории о великом князе Московском» кн. А. М. Курбского. По приказу царя архимандрит Юрьева во имя вмч. Георгия монастыря и протопоп Софийского собора освятили город, где были поставлены правосл. храмы: Воскресения Христова в крепости - Вышгороде и «соборный» храм Богоматери Одигитрии. Царь велел «и иные храмы ставити». Всего в 1558 г. в Нарве было построено 5 храмов. При занятии рус. войсками пограничного города Нейшлосса (Сыренска) царь приказал поставить в нем храм Св. Троицы с приделами свт. Николая и св. Илариона. В итоговой записи офиц. летописи о действиях рус. войск в 1558 г. отмечено, что они заняли 20 городов и во всех этих городах «церкви крестианские воздвигнули» (ПСРЛ. Т. 13. 2-я пол. С. 306).
Занятие рус. войсками территорий на северо-востоке совр. Эстонии открыло возможности для развития здесь миссионерской деятельности правосл. духовенства. Важную роль сыграл игумен Псково-Печерского в честь Успения Пресв. Богородицы монастыря прмч. Корнилий. Как сообщается в «Повести о начале и основании Печерского монастыря», он «люди Новаго городка ливонскаго, чюдь называемыя, христианской вере научи, и святым крещением просвети, и в них презбитеры и клирики устрои» (Повесть. 1831. С. 8). В деревнях Агеро и Топинна им были построены храмы. В 1560/61 г. Иоанн IV пожаловал мон-рю обширные земли в этом районе.
Состав населения на занятых русскими войсками эст. землях (их адм. центром был взятый в 1558 Дерпт (Юрьев)) к нач. 60-х гг. XVI в. заметно изменился. Туда были направлены писцы, производившие раздачу земель рус. помещикам. Кроме того, в занятых городах постоянно «годовали» большие группы новгородских помещиков. В тех же городах находились и крупные отряды стрельцов: в 1577 г. в Юрьеве несли службу 560 чел. Для них была создана сеть храмов и возникла необходимость в церковном центре, к-рый осуществлял бы управление клиром.
Вопрос об учреждении на территории Ливонии правосл. епархии, по-видимому, обсуждался уже в нач. 60-х гг. XVI в. В законченной в это время Степенной книге указывалось, что при кн. Ярославе Мудром в Юрьеве были правосл. епископы, подчинявшиеся Киевскому митрополиту, но потом немцы «епископию Юрьевскую от истинного благочестия в латыньское бискупство претворишя» (Степенная книга. 2008. С. 381). В Новгородской II летописи отмечено, что 14 окт. 1571 г. в Новгород приехал еп. Корнилий «новой с города Юрьева Ливонского» (ПСРЛ. Т. 30. С. 160). Наименование епископа «новым» говорит о том, что образование кафедры и поставление епископа произошли сравнительно незадолго до этой даты. Судя по преамбуле решений церковного Собора 1580 г., этот епископ именовался как «Юрьевской и Вильянской» (Вильян, Феллин, ныне Вильянди). В авг. 1572 г. еп. Корнилий снова побывал в Новгороде, когда там находился царь, вероятно дававший ему указания, как руководить епархией. Кафедральным собором нового епископства стал собор католич. кафедры. В городе находились др. правосл. храмы и муж. мон-рь. В преамбуле решений Собора 1580 г. упоминается Корнилий как Юрьевский епископ, но его подписи под текстом нет, а в записи 1578 г. об установлении местного почитания прп. Иосифа (Санина) Волоцкого упоминается Юрьевский еп. Савва. Источники не дают возможности разрешить это противоречие.
Борьба за Ливонию привела в дальнейшем, после падения Ливонского ордена, к войне с Великим княжеством Литовским, и в 1563 г. Иоанн IV предпринял поход на Полоцк. В офиц. летописи одной из главных целей похода провозглашалась защита правосл. храмов и икон от «поругания» со стороны еретиков-лютеран, к-рым принадлежит власть в Великом княжестве Литовском. В походе царя сопровождали Донская икона Божией Матери «и иные многие чудотворные образы», а также Евфросинии Полоцкой, прп., крест и делегация духовенства во главе с Коломенским епископом. После взятия Полоцка находившийся в нем нареченный архиеп. Арсений (Шишка) был взят «за сторожи» и отправлен в Россию. Эти меры не коснулись клира Софийского собора, встречавшего царя в храме. В наказе полоцким воеводам предписывалось выселить жителей из городской цитадели, там могли остаться только «попы у церквей с своими семьями» (Книга полоцкого похода. 2004. С. 71). В Степенной книге отмечено, что после сдачи города царь «богоубийственных жидов конечнои пагубе предаде и богомерзских же латын и злейших иконоборец расплени и расточи» (Степенная книга. 2008. С. 388). В летописи игум. Корнилия также отмечено, что членов евр. общины Полоцка Иоанн IV «велел... и с семьями в воду в речноую въметати» после их отказа креститься (Псковские летописи. 1955. С. 244). Позднее в Польско-Литовском гос-ве царя обвиняли в казни насельников бернардинского мон-ря. По-видимому, царем было запрещено протестант. богослужение. Иное положение сложилось на эст. землях: царские грамоты 1558 г. населению Нарвы и Дерпта обеспечивали их право иметь свои храмы, где совершалось протестантское богослужение. Известны имена ряда проповедников в этих общинах в 60-70-х гг. XVI в. Сохранялось протестант. богослужение и во владениях вассала царя - «ливонского короля» Магнуса.
В апр. 1563 г., по возвращении царя из похода, был подтвержден статус Полоцкой кафедры как архиепископии, во главе епархии был поставлен Трифон (Ступишин), живший на покое бывш. еп. Суздальский, постриженик прп. Иосифа Волоцкого. Он умер в 1566 г. в Полоцке во время «поветрия». В авг. 1566 г. его преемником стал также живший на покое бывш. Суздальский еп. Афанасий (Палецкий). Он в 1568 г. оставил кафедру и удалился в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресв. Богородицы монастырь. Полоцкий архиеп. Антоний прилагал усилия для улучшения епархиальной жизни. По свидетельству Новгородской II летописи, в 1568 г. в Полоцк были отправлены 33 священника и диакона из Новгорода. В 1572 г. Антоний стал митрополитом - главой Русской Церкви. Полоцкий архиеп. Киприан упоминается в записи 1578 г. об установлении местного почитания прп. Иосифа Волоцкого.
В 70-х гг. XVI в. территория Юрьевской епархии расширилась благодаря успехам рус. войск в Ливонии. Так, когда летом 1575 г. рус. войска заняли Пернов (Пярну), там был построен правосл. храм. В 1577 г. Иоанн IV предпринял большой поход на ливонские земли в бассейне Зап. Двины, ранее подчинявшиеся польск. власти. Разряд ливонского похода 1577 г. зафиксировал распоряжения царя об устройстве во всех занятых городах правосл. храмов. Царь указывал, каким святым и каким праздникам следовало посвятить храмы. Священники этих храмов должны были подчиняться Юрьевскому епископу, а священников и церковную утварь необходимо было прислать из Пскова. Центром этого округа, по-видимому, должен был стать Кокенгаузен (Куконос, ныне Кокнесе), куда следовало прислать 8 священников и 8 диаконов. Сохранившаяся переписка 1577-1578 гг. Городового приказа с воеводами этих городов говорит об усилиях, прилагавшихся для того, чтобы выполнить царские распоряжения, построить храмы и найти для них священников. В писцовой книге 1576/77 г. упоминается о строительстве церкви в с. Вазичеве Псково-Печерского мон-ря около «Нового города немецкого». Упоминается Троицкая ц. в Сыренске. Говорится о том, что клир Воскресенского монастыря в Юрьеве (игум. Никандр) с утварью был переселен в Покровский Озерский мон-рь в Псковском у. (Селин. 2001. С. 243, 244).
В последние годы Л. в. Иоанн IV столкнулся с враждебной коалицией Польско-Литовского гос-ва, Швеции и Крыма, потерпел поражение, и присоединенные белорус. и ливонские земли были потеряны. Существование подчиненной Московской митрополии Полоцкой кафедры прекратилось, когда 30 авг. 1579 г. Полоцк сдался после длительной осады армии польского кор. Стефана Батория. По сведениям польских хронистов, архиеп. Киприан призывал воевод защищать город, а после сдачи Полоцка король не захотел, по сообщению папского нунция, «и видеть» архиепископа. Сложившееся положение король использовал, чтобы передать созданной в Полоцке коллегии иезуитов земельные владения православных полоцких храмов и монастырей, всего, по сообщению нунция, 60 деревень.
Судьбу правосл. духовенства на ливонских землях определили постановления Ям-Запольского русско-польск. договора в 1582 г. Было достигнуто соглашение, что правосл. духовенство, находившееся в ливонских городах, получит возможность уехать в Россию вместе с иконами и церковной утварью. Для наиболее удаленных городов в бассейне Зап. Двины устанавливался крайний срок - 4 марта, но такие центры, как Юрьев (Дерпт) и Феллин, должны были перейти под польск. власть раньше. Сразу после заключения мирного договора командующий польск. армией Ян Замойский лично отправился в Дерпт, чтобы удалить оттуда епископа и других русских. В Дерпте также была организована коллегия иезуитов. По русско-швед. договору 1583 г. в состав Шведского королевства вошли земли Сев. Ливонии, ранее занятые рус. войсками, а также такие рус. земли, как г. Корела (ныне Приозёрск) с уездом и новгородские пригороды - Ям, Копорье и Ивангород. На этих землях оставалось правосл. духовенство, но возникли сложности в его отношениях со своим духовным главой - Новгородским архиепископом, население этих земель - русские и карелы - стало объектом лютеран. пропаганды.